Capsicum annuum
Annuum significa 'annuale', è in realtà una designazione inesatta, dato che i peperoncini sono perenni in opportune condizioni di crescita.Questa specie è la più comune e ampiamente coltivata delle cinque specie domestiche e comprende varietà come Ancho, Peperone dolce, Cayenna, Cherry, Cubana, De Arbol, Jalapeno, Mirasol,, Paprika, Pimiento, Pequin, Serrano, ecc. ecc.
Le varieta' di questa specie hanno fiori bianchi, viola o bianchi bordati di viola, senza macchie. Le antere sono viola (prima dell'apertura). I petali sono generalmente 5, piu' raramente 6. Il fiore ha postura varia, pendulo o eretto. Ogni nodo presenta un singolo fiore, ma a volte i nodi sono molto ravvicinati e sembra che ci siano molti fiori uniti (mazzetti). In qualche caso ci possono essere due fiori sul primo nodo.

 Capsicum baccatum.
E’ costituito dalle cultivar sudamericani conosciuti come Aji . Il numero delle varietà è elevato, come gli annuum con piccantezza dei frutti variabile, dal non-pungente a molto elevato.  La specie si distingue dalle altre dalle macchie gialle o marrone chiaro sulle corolle dei fiori e dalle antere gialle. 
Molte varietà della specie baccatum crescono molto in altezza, raggiungendo spesso 5 metri di altezza con frutti di solito eretti che diventano pendenti man mano che maturano.  Include il cosiddetto cappello del vescovo, e gli ají.
 
Capsicum chinense
Il nome può trarre in inganno. Difatti la qualità non è cinese, bensì sud-americana, in particolare originario dell'Amazzonia. La specie  include l'habanero, rimasto fino al 2006 nel Guinness dei primati come  peperoncino più piccante del mondo, e il suo successore Dorset Naga ibrido con C. frutescens, più lo Scotch Bonnet oltre al Fatalii ed ecc. ecc.
I tipi di frutto così come le piante, sono molto diversi tra le varietà di questa specie, anche se caratterizzate da un aroma fruttato. Le piante appartenenti a questo gruppo, essendo una specie tropicale, tendono a vegetare meglio in zone di alta umidità. L’accrescimento è più lento rispetto a molte delle altre specie e i semi possono richiedere molto tempo per germinare. 
I C.chinense hanno quasi sempre fiori bianco-verdognoli con antere viola, ma sono presenti anche varieta' con fiori bianchi con macchie viola all'esterno e/o all'interno della corolla. I petali sono generalmente 5 o 6.
I fiori sono penduli e il picciolo ha forma curva. I fiori sono spesso multipli per nodo, fino a 8-9.
Una particolarita' tipica e' la costrizione anulare sul picciolo, una strozzatura piu' o meno evidente poco sopra il calice.

Capsicum frutescens.
Frutescens significa 'arbustiva' o 'cespuglio' non è ampiamente coltivato con l'eccezione del Tabasco, che è stato usato nella fabbricazione della salsa famosa dal 1848. Un'altra varietà famosa è la Malagueta, che cresce in Amazzonia in Brasile dove la specie probabilmente ha avuto origine. I frutescens sono piante hanno un portamento compatto, hanno molti steli e crescono tra 1 e 4 metri di altezza a seconda delle condizioni locali.  I fiori hanno corolle bianco verdastro con macchie e senza antere viola. I frutti sono meno vari rispetto alle altre specie (ad eccezione dei Pubescens) sono spesso di piccole dimensioni, a punta e crescono in posizione eretta sulle piante. Questa specie è particolarmente adatta per la coltivazione in vaso e un unica pianta è in grado di produrre 100 o più frutti. 
I C.frutescens hanno fiori bianchi o verdognoli con antere viola. Spesso i petali sono revoluti (piu' o meno arrotolati all'indietro). Il numero dei petali e' generalmente 5 o 6. Una caratteristica tipica e' l'angolo acuto formato dal picciolo appena sopra il calice quando il fiore e' aperto; dopo l'allegagione il picciolo si raddrizza e il frutto e' generalmente eretto. Il calice spesso avvolge la base del frutto; a volte sono presenti minuscoli denti. Altra particolarita' quasi sempre presente e' che i frutti sono decidui, cioe' si staccano facilmente senza picciolo quando sono maturi.

Capsicum pubescens.
Pubescens significa 'peloso' è probabilmente il meno comune dei cinque specie domestiche ed è l'unica specie Capsicum domestiche senza forma selvatica. 
Tuttavia due specie selvatiche 'Cardenasii' e 'Eximium' sono da ritenersi strettamente correlati. 
Pubescens ha una forma compatta per erigere l'abitudine (a volte tentacolare e vite simili) e può crescere fino a 8 metri di altezza. I fiori hanno corolle viola, antere viola e bianco e in posizione eretta dalle foglie. I baccelli sono normalmente a forma di mela o pera. Un punto interessante da notare è che la specie è 'isolata' dalle altre specie domestiche con cui non può impollinarsi con loro. Un'altra caratteristica distintiva della specie sono i semi neri dei frutti. Le varietà includono il peruviano 'Rocoto' e il messicano 'Manzano'. Probabilmente la più difficile delle cinque specie domestiche a crescere.  I fiori sono grandi, viola con macchie bianche nella gola, a volte con evidenti macchie gialle (fossette nettarifere); sono noti casi di fiori quasi bianchi. Il numero di petali e' generalmente compreso tra 5 e 8. Il calice e' dentato, il picciolo ha forma incurvata, i fiori sono posizionati in vario modo (penduli, intermedi o eretti). 

Specie selvatiche del genere Capsicum
Le 26 specie selvatiche non hanno ampio studio sulla loro biologia e i semi sono molto più difficili da trovare in quanto sono spesso oggetto di distribuzione limitata. Una generalizzazione interessante è che la maggior parte delle specie selvatiche hanno piccoli frutti, che vengono mangiati con facilità da parte degli uccelli, l'agente di dispersione naturale per le specie Capsicum.
 

La determinazione della specie si complica se si considerano anche le specie wild.
Entrambi questi argomenti meritano una trattazione ben piu' approfondita, ma chi e' interessato puo' trovare molte informazioni utili in vari articoli pubblicati sull'argomento.

http://mondopiccantedilonewolf.myblog.it/tag/pepperfriends

Le cinque specie principali si ibridano come riportato nella tabella sotto riportata.